28 Ağustos 1972’de Kars’ın Sarıkamış ilçesinde doğdu. Ana adı Seher, baba adı Asım’dır.
İşçi bir babanın 4 çocuğundan en küçüğü olan Aykut Erdoğdu’nun iki ablası bir ağabeyi vardır.
Erdoğdu ilk, orta ve lise eğitimini Erzurum’da tamamladı.
Üniversite eğitimi için geldiği Ankara’da, Gazi Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi’nin Kamu Yönetimi bölümünden 1993 yılında mezun oldu.
1995 yılında yapılan sınavda dereceye girerek Hazine Müsteşarlığı’nda Stajyer Hazine Kontrolörü olarak göreve başladı.
2002 yılında The Institute of Chartered Accountants of Scotland’da Uluslararası Denetim ve Muhasebe Standartları ve iş başı tecrübesiyle denetçi eğitimleri gördü.
Gerek yurt içinde, gerekse yurt dışında iç denetim, Avrupa Birliği düzenlemeleri, risk yönetimi, Katılım Öncesi Mali Yardımların Denetimi, bağımsız denetim, proje yönetimi, uluslararası fon sağlayıcı kuruluşlar (EU, IMF, UN ve Dünya Bankası) ve diger mesleki konularda eğitimlere katıldı.
2005 yılında ABD İç Denetçiler Enstitüsü’nden Sertifikalı İç Denetçi (Certified Internal Auditor) unvanı aldı.
Hazine Müsteşarlığı’nda görev yaparken dünyanın saygın üniversitelerinden Carnegie Mellon’dan 2007 yılında Kamu Politikaları ve Yönetimi üzerine yüksek lisans derecesi aldı.
Uluslararası muhasebe ve denetim standartları, mali analiz, bilgisayarlı modelleme, finansal modelleme, nicel çözümleme konularında uzmanlığı bulunmaktadır.
Hazine Müsteşarlığı’ndaki görevi sırasında IMF, Dünya Bankası ve Avrupa Birliği fonlarıyla finanse edilen çeşitli projelerin başdenetçisi olarak görev yaptı.
Haziran 2011’de Cumhuriyet Halk Partisi’nden 24. dönem İstanbul Milletvekili seçildi. 25, 26 ve 27. Dönem Milletvekilidir.
TBMM Kamu İktisadi Teşebbüsleri Komisyonu üyeliği ve Komisyon’da CHP Grup sözcülüğü görevlerini yürüttü.
İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığınca yürütülen 17 Aralık soruşturmasından sonra oluşturulan CHP Kriz Masası’nın Başkanlığı’na getirildi.
İyi derecede İngilizce ve Almanca bilmektedir.
Aykut Erdoğdu evli ve bir çocuk babasıdır.